Een ontologie is een, gewoonlijk domeinspecifieke, representatie van entiteiten en hun relaties en dus de kennis (indien... dan... verbanden) binnen het domein. Een ontologie wordt ontwikkeld om het mogelijk te maken dat het redeneren binnen een bepaald domein kan geautomatiseerd worden. Uiteraard proberen sommigen ook een “upper ontology” te ontwikkelen dat de gemeenschappelijke kennis in verschillende domeinen kan weergeven.

In het haakformalisme wordt duidelijk dat alle relaties die ervaarbaar zijn kunnen uitgedrukt worden dank zij de nevenschikking en zijn inbedding, of met andere woorden de relatie van simultaneïteit. Op die manier kan immers uitgedrukt worden welke domeinspecifieke veronderstellingen geëxpliciteerd moeten worden als keuzevrijheid of beperking van keuzevrijheid om het redeneren mogelijk te maken. Immers, niet alle denkbare onderscheidingen kunnen relevant zijn voor een bepaald domein, zelfs niet voor een bepaalde context binnen dat domein.

De verwachtingen rond ontologieën zijn hoog gespannen omdat ze het mogelijk zouden kunnen maken om verschillende datastructuren toch met elkaar te kunnen laten interageren (zie Tom Gruber, het semantisch web, de open source ontologie voor producten en processen van het Gellish enz...). Omdat blijkt dat ontologieën sterk taal afhankelijk zijn construeert men dan meta-talen en meta-meta-talen. Voor de verwarring die dan ontstaat: zie Renssen 2005 blz 37-38 “This illustrates how confusing it can be to make a distinctions between languages, meta-languages and meta-meta-languages”.

In het haakformalisme wordt echter een andere weg bewandeld: domeinen en contexten kunnen van elkaar onderscheiden worden door op te lijsten welke communicatie acties in dat domein relevant geacht worden (welke acties leiden tot een herhaalbaar te maken onderscheid tussen “ja” en “neen”). Hiermee wordt het vertaalprobleem van concepten in verschillende domeinen niet opgelost door een “upper ontology” te ontwikkelen maar door een gemakkelijke (binair) en operationeel goed onderbouwde vertaling tussen concepten mogelijk te maken voor slechts die concepten die relevant blijken te zijn. De symbolen die gebruikt worden kunnen alle mogelijke sporen zijn (bijvoorbeeld artefacten). Op die manier blijft het haakformalisme ook open voor een werkelijkheid die niet in de semantiek of de concepten in de standaard taal van de dominante cultuur uit te drukken is. Over de vertekeningen van de dominante cultuur zie bijvoorbeeld Joseph Henrich “The Weirdest People in the World” (2009)